先祖代々の位牌やお墓があり、葬儀や法要をお願いする寺院のことです。
檀那寺（だんなでら）という似た言葉もありますが、こちらは「仏の教えを説く代わりに、ご家庭（檀家）のお布施（金銭）で運営するという関係性がある寺院」という意味です。
このため、正確にいうとお布施の有無という点が異なります。
しかし、江戸時代の寺請制度（家庭ごとにひとつの寺院との関係性を持たせる制度）により、「支援をする寺院」と「先祖の供養、お墓の管理をする寺院」が一致するようになりました。
よって、現在は菩提寺と檀那寺で大きな意味の違いはなくなっています。

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